英格兰大学进行教学内容的改革基于两个原因，一是文艺复兴的延续，“新学术”和传统经院哲学的斗争仍在继续。
另一个更重要的原因是都铎王朝对大学教学内容的清查，为了彻底清除大学中不利于王权至尊的内容，都铎王朝屡次对大学教学内容进行清查，并对教师做了严格的规定，使其能够保证国王对大学的绝对权威。经过都铎王朝对大学教学内容的改革，英格兰大学已经完全成为世俗的文化教育机构。
清除大学异端学术
16世纪初，德国宗教改革的影响蔓延至英格兰，路德的思想在英格兰大学开始传播。此时，亨利八世还是一个忠诚的天主教徒，他在年曾撰文《为七项圣礼辩护》攻击路德的《论教会的巴比伦之囚》以支持教皇的权威。
同年，在亨利八世的支持下，他的御前大臣——红衣主教沃尔西为攻击路德颁布了教皇诏书《主，请起来》。在这样的思想背景下，亨利八世支持大学将路德的宗教改革思想视为异端邪说进行压制，路德的著作在英格兰被公开烧毁。
当时剑桥大学的校长费舍尔对异端思想的传播格外警觉，他在年修改章程，规定一旦怀疑某位学院原始为教徒，学院教师及其他资深学院院士可立即将其逐出。
这一时期，大学最主要还是受到教会的控制。为了肃清大学中的异端，坎特伯雷宗教会议颁布教令，规定由林肯主教管辖牛津大学，伊利主教管辖剑桥大学，他们要负责对大学进行视察，肃清异端邪说，规整教学模式。“毫无疑问，牛津和剑桥大学就是知识的源头，从哪里流淌出知识的河流，倘若它们遭到了错误思想和异端学说的污染，那么整个国家都将变得污浊不堪，这将是多么可怕的事情！”
随着离婚案的持续发酵，亨利八世逐渐改变了对宗教改革的态度，开始支持宗教改革。亨利八世试图通过神法寻求到离婚的依据，他咨询了剑桥大学校长约翰·费希尔，但是费希尔认为亨利八世离婚案的裁决权掌握在教皇手中。在之后数年的辩论中，费希尔始终站在教皇的一边。
亨利八世开始给教会施加压力，并极力扩展俗界的权力。最后，亨利八世使议会修改了立法，宣布国王为英国教会的最高首领，英国宗教改革由此拉开序幕。在此之后，都铎王钊逐渐清除了图书馆内的不符合其君主统治的书籍，渐渐地，大学开始臣服于都铎王朝，并且成为王室政策的工具。
克伦威尔正好在宗教改革初期崭露头角，成为亨利八世最重要的王室大臣之一，他在宗教改革的事业上表现出了极大的野心和热情。年，都铎王朝第一次两所大学进行访问，这一次对两所大学的访问没有君主的直接参与，却是由克伦威尔直接指导的，访问团带着克伦威尔起草的禁令来到两所大学。
禁令要求所有关于学术神学的讲座被废除，以基于《圣经》的讲座代替原来的神学讲座。由于整个英格兰都被要求放弃教皇权威，承认国王是教会的最高领袖，所以大学必须停止教授教会法并禁止授予其学位。另外，所有对如今教学工作起阻碍作用的一切仪式和庆典都被要求废除。
玛丽统治时期大学又成为天主教恢复的代理人，4年，玛丽对主教们发出禁令，命令他们检查大学里所有的摄政者和教师，发现拥有可疑之处立即将其带走。
5年，红衣主教波尔要求所有的摄政者和教师都要经过主教的审查和批准才能继续工作。旧的教会法得到了重新确认，大学内的教学许可证由主教负责。由于面临巡访和检查的压力，天主教在大学里得以恢复。玛丽女王统治时期，新教教师被驱逐，异端书籍被销毁，所有毕业生都被要求必须信奉天主教。
指定教学内容、制定教学大纲
除了清除大学教学中不利于国王绝对权威的因素，都铎王朝也通过颁布禁令、章程等方式为大学指定教学内容、制定教学大纲。
年克伦威尔的禁令除了进一步强调了王室权威和对教皇权威的抨击，清除不利于国王绝对权威的因素，更主要的内容就是为大学指定教学内容，制定教学大纲。禁令要求各学院每天必须提供免费的拉丁语和希腊语讲座；神学教学必须依据《圣经》原文的真实含义，而非复杂难解的评论性语句。
教学内容必须依据严格按照“教学黑白名单”进行，这里的“黑白名单”是指禁令为大学指定的教学内容。“白名单”包括亚里士多德、鲁道夫斯·阿格里科拉、乔治·特拉比松等人的著作，“黑名单”包括司各脱、伯利、安所涅斯·特龙贝塔等人的著作。这一划分的主要目的是摒弃大学教学中一些看似晦涩难懂但实际并没有意义的争论。
事实上，在此之前，剑桥大学就已经朝着这种教学纲目的方向发展了，尤其是对希腊语和拉丁语的重视，这是因为经过漫长的中世纪，古典拉丁语及其作品已经被赋予了一些与以往不同的内容。部分异教哲学在不自觉中被融入到基督教教义中；各个地方的人们借用了当地语言中的词汇和短语，将拉丁语变成了满足他们时代需求的工具。
在这个过程中，古典拉丁文被大量掺假，原创作品被淹没在各种各样的注释之下。文艺复兴运动即试图恢复古典作品，不少人文主义者因此重新强调拉丁语和其他古典语言的重要性，其中具有代表性并且对英格兰产生重要影响的莫过于伊拉斯谟。人文主义者在大学重新掀起的对古典语言的崇尚已经促进了英格兰大学教学大纲的变化，
不过，王室亲自来掌控教学大纲的设计还是英格兰大学历史上的第一次。除了文化上的意义，英格兰国王重拾古典语言恐怕有更重要的意义。对古典语言及其著作的学习为宗教改革提供了新的理论和权威，因为它表明现存的教会和教义建立在对错误文本的错误理解上，已经背离了早期基督教单纯的教义。
因此，都铎时期英格兰大学对古典语言及其作品的重视有两个方面的原因，一方面是受到文艺复兴的影响，另一方面是都铎王朝开展宗教改革的需要。
年前后，亨利八世先后在剑桥大学和牛津大学设立了五个钦定教授席位，它们是“神学、希腊语、希伯来语、医学和民法学。”亨利八世通过这些举措加强了对大学的控制。爱德华六世进一步推进了将大学置于皇家控制之下的进程，他在这一时期引进了大陆宗教改革的杰出学者，使他们在英国的两所大学教授和传播新教学说。
年在对大学进行皇家访问的时访问团没收了图书馆中强调教皇权威的书籍，来访者颁布了教学新规，进一步按照人文主义路线重新塑造了教学大纲。这一年，都铎王朝还组织出版了新版的皇家语法。
希腊语被再次强调，拉丁语语法却被停止作为一门学科，因为它被认为更适合用来作为一种工具。本科课程被重新设置为数学、辩证法、修辞学和哲学，教会法被废除，国家现在试图鼓励对民法的研究，因为它在行政管理和外交方面对王室更有用。
伊丽莎白即位以后采取宗教和解政策，她隐藏了自己的宗教信仰，既采纳了部分新教原则，又保留了大量天主教残余。同时，她又规定了官方教义和礼仪，压制不服从国教的天主教教徒和清教徒，以《圣经》为信仰的唯一准则，否认教皇的权力，伊丽莎白时期形成了不同于爱德华六世时期的新国教。
为确保新国教的地位，给予被更加严格的控制。9年伊丽莎白颁布了皇家禁令中对大学的教学提出了指示：每一位校长和老师都应该由亨利八世制定并在爱德华六世时期延续使用的语法。同年，伊丽莎白女王在皇家禁令中规定，必须对所有准备教书的人进行品德和信仰上的检查，只有获得了许可证之后才能教书。
这一规定在年成为英格兰教会法的一部分，按此规定，当时申请教学资格的所有人，无论是在大学公开教学还是家庭教师，都必须承认《至尊法案》、《三十九条信纲》和《公祷书》。
议会在年和年加强了教会法，制定了对未经许可进行教学的行为进行罚款和监禁的法规。此外，新教规要求校长教授经批准的英语或拉丁语教义问答，在学校举行每日祈祷。如此反复灌输的宗教顺从的习惯通过教学实践得到标准化得到了加强。
在伊丽莎白统治时期，大学逐渐转变为新国教的据点，尽管他们也庇护了少数天主教和清教的宗教极端分子。年后，所有的毕业生都被要求向《至尊法案》宣誓，这显然被认为是宗教正统的充分证明。从年开始，牛津大学所有毕业生都必须承认《三十九条信纲》。
从年开始，这一范围扩大到所有16岁以上的本科生，因此实际上，除了英国圣公会教徒，该大学对所有人关闭。这一做法主要是为了宗教纪律和统一，所有的学生最终都被安排住在学院或礼堂里，并被大学正式录取。剑桥大学比牛津大学有更浓厚的请教氛围，对新教会更挑剔，没有引进这种制度，在这里，毕业时对《至尊法案》的誓言是唯一的考验。
年，詹姆斯一世的皇家授权要求两所大学的所有学位获得者必须承认《至尊法案》、《公祷书》和《三十九条信纲》，为严格限制两所大学的宗教信仰，大学还必须对其成员进行宗教考试，这一规定直到年才最终废除。
不过，也不应该认为当时的教育课程有什么颠覆性的东西。带有学术古典偏见的文法学校和大学被刻意设计来灌输纪律和服从的习惯。通过教育进行意识形态灌输可能是一把双刃剑，因为任何精神纪律，无论多么保守，都有可能导致一些人开始独立思考。然而，在许多地方和许多时候，精心的训练使人们接受了社会和宗教规范，直到17世纪，古典和法律教育才导致了对教会和国家既定秩序的大量批评和质疑。
